Significa que é a terceira atualização da versão 3.16.7-ckt11-1 do kernel para o Debian 8. Quando o Debian 8 foi lançado, ele tinha a versão 3.17.6-ckt11-1; quando uma atualização se tornou necessária, um sufixo + deb8u1 foi adicionado, depois + deb8u2 na atualização seguinte e + deb8u3 na versão que você possui.
Você pode ver os detalhes das atualizações no changelog . Este esquema de versão está documentado no último parágrafo da seção sobre NMUs e debian/changelog na política do Debian , embora não seja específico da NMU.
Tenho certeza que já respondi isso aqui, mas não consigo encontrar a resposta ...