A mensagem foi introduzida em usb: sysfs link peer Portas (é parte de uma seqüência de patches que retrabalha o controle de energia da porta USB). O problema subjacente é descrito em usb/power-management.txt na documentação do kernel:
Port suspend is sequenced to guarantee that hi-speed ports are powered-off before their superspeed peer is permitted to power-off.
(entre outras coisas).
Basicamente, as portas USB 3 têm um peer USB 2 da perspectiva do controlador, e qual peer é usado depende da velocidade USB em uso pelo dispositivo conectado. Para gerenciar a energia adequadamente em tais portas, o sistema precisa saber quais portas lógicas são pares: caso contrário, pode desligar uma porta USB física que parece não ser usada quando na verdade está em uso. A mensagem de erro que você está vendo indica que, por algum motivo, o kernel não conseguiu determinar o peer de uma porta; Como resultado, ele não conseguirá lidar com todos os cenários de gerenciamento de energia dos dispositivos conectados a essa porta.