Você pode usar as entradas em /proc
para truncar esses arquivos.
# ls -l /proc/4315/fd
Isso mostrará todos os arquivos abertos pelo processo 4315. Você já usou lsof
e mostra que o arquivo excluído é o descritor de arquivo 135, então você pode liberar o espaço usado pelo arquivo excluído da seguinte forma:
# > /proc/4315/fd/135
O mesmo vale para o outro arquivo deletado aberto pelo processo 44654, lá está o descritor de arquivo 133, então:
# > /proc/44654/fd/133
Agora você deve ver que o espaço está liberado.
Você também pode usar isso para copiar o conteúdo de um arquivo que foi excluído, mas ainda mantido aberto por um processo, apenas cp /proc/XXX/fd/YY /some/other/place/filename
.