A diferença está nos pacotes que estão instalados.
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O Fedora Workstation instala um ambiente gráfico X Windows (GNOME) e suítes de escritório.
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O Fedora Server não instala nenhum ambiente gráfico (inútil em um servidor) e fornece instalação de DNS, servidor de e-mail, servidor da Web, etc.
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O Fedora Atomic é projetado em torno de Kubernetes e containers.