Você pode ir a rota do udev / rsync, mas precisará fazer alguns scripts. Verifique as inotify-tools em qualquer caso, elas são muito úteis para enviar notificações de alteração do sistema de arquivos para aplicativos .
Eu conheço três ferramentas GUI (quick to set up) para sincronizar sistemas de arquivos locais.
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O Unison é maduro e está bem documentado. Os métodos de monitoramento estão um pouco desatualizados, mas podem ser automatizados pelo inotify (ainda requer alguns scripts).
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DirSync Pro não parece software livre, mas é.
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O FreeFileSync foi lançado recentemente, mas parece promissor. Ele tem uma opção para salvar comparações de diretório como um lote e acionar a sincronização em eventos, como montar uma unidade externa.