Não sei nada sobre o tmuxinator, então me desculpe se for melhor aqui
Seu 'Startup Applicaton' é simplesmente um .desktop, normalmente armazenado em ~ / config / autostart /
O que você pode tentar é simplificar o Exec =, várias maneiras
Um atraso de inicialização pode ser definido em uma nova linha no .desktop, Ex.
X-GNOME-Autostart-Delay=10
Além disso, você pode ter o comando executado em um terminal com uma linha
Terminal=true
O que também pode ser útil é considerar a execução de seu comando real através de um script e, em seguida, definir a linha Exec = para
Exec=/path/to/scriptname
Se o seu script for executado corretamente, ele deverá funcionar bem no Startup