Iniciar um comando como um usuário diferente geralmente é feito com su, sudo ou definindo o bit setuid nas permissões do executável.
Você não quer que os executáveis sejam executados como root, a menos que eles precisem, já que esse usuário tem todos os privilégios. Se esses processos não precisam de nenhum privilégio, você pode fazê-los rodar como "nobody", que é o usuário a quem tentamos conceder o menor número possível de pré-requisitos.
Um usuário sempre tem o direito de matar seus próprios processos (desde que tenha acesso à chamada do sistema kill), ou dito de outra forma, um processo de um determinado uid efetivo sempre tem o direito de enviar um sinal para um processo correndo como o mesmo uid eficaz.