Eu tenho um problema parecido com o meu Ubuntu 12.10 e o Eclipse Juno 4.2.
Então, de vez em quando, quando eu alterno entre aplicativos, meu Eclipse falha. Ele simplesmente se fecha com uma tela de erro com várias bibliotecas gtk mencionadas. Eu tenho a tela de informações que este relatório de falha será enviado para análise posterior.
Então eu pesquisei na net e encontrei este relatório de bug no eclipse: link
Após este bug, no final você verá que está confirmado em: Eclipse SDK 4.2.0
E isso será resolvido no Eclipse 4.3.
Uma das possíveis soluções é baixar o mais recente bufete noturno do Eclipse, mas eu mudei de volta para o Eclipse Indigo e esperarei pelo Eclipse oficial 4.3