Eu perguntei sobre isso no canal de IRC do Arch Linux, e tive a seguinte resposta:
<Namarrgon> smason: it's a bug in gdm
<Namarrgon> when you disabl automatic suspend in gnome it doesn't affect gdm itself
Com base nisso, encontrei uma troca de olhar relevante: link
que eu alterei para os seguintes comandos:
sudo machinectl shell gdm@ /bin/bash
export GSETTINGS_BACKEND=dconf
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.power sleep-inactive-ac-timeout 0
Isso já está funcionando há alguns dias e meu cron e outros trabalhos em segundo plano continuam sendo executados durante a noite.