Se o seu kernel é de 64 bits (e você pode rodar binários de 64 bits), você pode iniciar uma nova instalação x86_64 do Gentoo em um chroot, seguindo as instruções usuais. Eu fiz semelhante antes - efetivamente uma reinstalação, mas enquanto ainda está executando o sistema antigo. Se você não tiver um dispositivo de bloco sobressalente para instalar, poderá usar um subdiretório e inicializar com init=chroot0/new0/bin/sinit
ou suspenso em um ambiente mínimo para embaralhar os diretórios.
Se o seu kernel é de 32 bits, encontre um kernel de 64 bits ou construa um compilador cruzado para 64 bits para criar um kernel de 64 bits, inicialize-o e veja acima.