Eu descobri eu mesmo.
- Acione novamente a notificação
- Abra um console e execute
xwininfo
para descobrir qual processo criou a janela de notificação. - Desinstale esse aplicativo e instale um diferente (como
notification-daemon
ouxfce4-notifyd
) - Reiniciar.
No meu caso, o culpado foi dunst
, que não mostrava botões para confirmar / negar o emparelhamento Bluetooth.
Editar: outra resposta parece ser mais completa (mostrando o mecanismo das notificações do Unity).