Você pode experimentar Torta do diabo :
A totally crack-ridden program for freaks and weirdos who want precise control over what windows do when they appear. If you want all XChat windows to be on desktop 3, in the lower-left, at 40% transparency, you can do it.
Aqui é um tutorial que cobre o básico.
Desde Devil's Pie não é mais mantida, alguém fez uma sequela: Devilspie2 .
Eu nunca usei o último como o primeiro ainda funciona bem no meu sistema e faz exatamente o que eu quero.