Para expandir $HOME em seu arquivo, você pode usar envsubst first (esteja ciente de que isso expandirá qualquer variável env). Então você pode ler o resultado em uma matriz, por exemplo com zsh
args=(${(f)"$(< <(envsubst <infile))"})
ou com bash
readarray -t args < <(envsubst <infile)
e, em seguida, execute
./configure "${args[@]}"
Como alternativa, você pode usar tr para formatar o resultado como uma única linha de opções precedida por ./configure e canalizar isso para sh :
{ printf %s './configure '; tr '\n' ' ' <infile; } | sh