Existem duas coisas que você deve fazer. Certifique-se de que ntpd seja iniciado o mais cedo possível na sequência de inicialização e coloque um ntp-wait em algum lugar na sequência de inicialização antes de iniciar qualquer um dos seus aplicativos.
Dependendo da sua versão do Linux, a maneira de obter isso varia. Você deve, no entanto, tornar a inicialização de seu aplicativo dependente da ntp-wait acabamento.
ntp-wait simplesmente espera que o daemon ntpd informe que está sincronizado.
O jeito certo de fazer isso no Debian 8 seria configurar systemd e adicionar um novo serviço para o ntp-wait , do qual seus aplicativos seriam dependentes.
A maneira mais fácil de fazer isso é colocar ntp-wait nos scripts de inicialização dos seus aplicativos.