As coisas mudaram um pouco agora. Como resultado, o GNOME 3.28 agora envolve o ssh-agent do OpenSSH, que fornece o mesmo nível de suporte que o OpenSSH.
Referência - Wiki do Archlinux - GNOME / KeyringKnown issues
Cannot handle ECDSA and Ed25519 keys
As of January 2018, GNOME Keyring doesn't handle ECDSA nor Ed25519 keys. You can turn to other SSH agents if you need support for those.
Note: As of GNOME 3.28, gnome-keyring replaced its SSH agent implementation with a wrapper around the ssh-agent tool that comes with openssh. As a result, any type of key supported by the upstream ssh-agent is now also supported by gnome-keyring, including ECDSA and Ed25519 keys.
Se você ainda achar que está por trás dessa versão em particular, esta Gist mostra como você pode usar keychain
para solucionar este problema, intitulado: SSH com ed25519 (curve25519) + GNOME-KeyRing .