No Linux, /run
ou /var/run
são os locais padrão para itens que não são necessários para sobreviver a uma reinicialização, mas não devem ser removidos, por exemplo, %código%. Daemons geralmente mantêm seus arquivos pid lá, por exemplo.
Se o seu script for executado como um usuário comum, um diretório de pontos no diretório inicial desse usuário provavelmente será a escolha certa. É aí que os aplicativos com configurações persistentes (por exemplo, Firefox, GIMP, etc.) mantêm seus dados.