A mensagem de erro gzip mostra praticamente o que está acontecendo - o arquivo está sendo gravado (pelo MySQL neste caso) durante a compactação. Tente usar delaycompress
(com compress
); da página man:
delaycompress
Postpone compression of the previous log file to the next rotation cycle. This only has effect when used in combination with compress. It can be used when some program cannot be told to close its logfile and thus might continue writing to the previous log file for some time.