Os pacotes de microcódigo são basicamente patches para a CPU, corrigindo problemas que foram detectados desde que a CPU foi fabricada. Você só precisa instalar o pacote relacionado à marca da CPU no sistema (ou seja, instalar o amd64-microcode em um sistema com um processador Intel não faz sentido. Em qualquer caso, não é difícil instalar o pacote de microcódigo apropriado, Ajude a corrigir erros que você pode ou não encontrar. Veja, por exemplo, a página do ucode Intel conforme o comentário de don_crissti A AMD não fornece informações detalhadas sobre o AFAIK.
Eles não estão livres, pois não há fontes disponíveis gratuitamente para o microcódigo; os pacotes são construídos nos blobs binários fornecidos pela Intel e pela AMD. Como o Debian está comprometido em fornecer um sistema operacional totalmente aberto e livre, estas atualizações de microcódigo não pertencem realmente ao Debian, mas são fornecidas como um serviço para usuários Debian. Aqueles usuários que não querem correr o risco de se deparar com problemas de licenciamento devido a softwares que não são gratuitos (como em termos e condições de uso) podem simplesmente não usar o arquivo não-livre e, portanto, usar somente software irrestrito.