A configuração que você está procurando é gtk-primary-button-warps-slider
:
Whether a click in a GtkRange trough should scroll to the click position or scroll by a single page in the respective direction.
Flags: Read / Write
Default value: TRUE
TRUE
significa "rolar para a posição de clique" e FALSE
significa "rolar por uma única página".
Para alterar a configuração, edite ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
e adicione a seguinte linha:
gtk-primary-button-warps-slider=0
Reinicie seus aplicativos GTK3 para selecionar a alteração.
FYI: Encontrei algum comportamento esquisito ao rolar depois de alterar a configuração, mas não sei se foi a configuração ou o aplicativo em si.