O comando cp Foo Bar diz "Copie o diretório Foo para Bar ". Se já existir, colocará Foo dentro de Bar . Se você quiser copiar explicitamente o conteúdo de Foo , use cp -r Foo/ Bar/ ou, melhor, use rsync -a . Para elaborar: se Bar não existir, será criado com cp ; se isso não acontecer, ele funcionará como o destino para o qual você deseja copiar arquivos.