Eu acho que esse aviso é inofensivo (supondo que você não tenha sido hackeado ou não tenha instalado nenhum pacote suspeito), parece que o rkhunter acha que os scripts em / sbin são um comportamento suspeito.
Na verdade, verifiquei em uma instalação limpa do Ubuntu que tenho aqui e chkconfig
é de fato um script.