Bem, acabei de encontrar o shutter
, uma ferramenta interessante que pode fazer isso. Você pode instalar em sistemas baseados em Debian com
sudo apt-get install shutter
Depois de iniciar o shutter
, tire sua captura de tela limitando-a apenas ao monitor ativo:
Acabei de verificar e funciona perfeitamente no meu LMDE rodando o Cinnamon, ele tirou corretamente screenshots do monitor onde meu mouse estava sendo exibido.