Pergunte aos seus programadores qual a linguagem que você precisa usar, essa é a parte mais importante. Nem todos os idiomas funcionam no Unix e no Windows.
Leve as informações de idioma ao seu Host e pergunte em qual ambiente ele é suportado. Você também precisa perguntar ao seu host se o Servidor será Gerenciado ou Não gerenciado . Gerenciado significa que, se você tiver algum problema no servidor, o Host irá corrigi-los para você, se você colocar um ticket com suporte (meu $ dayjob). Não gerenciado significa que você está sozinho. No cenário Gerenciado, você obterá algum tipo de painel de controle da interface da Web, como cPanel ou Plesk .
Se você não é gerenciado, deve ter administradores de sistema reais, perguntar o que eles querem. Ou você precisa ser um administrador do sistema por conta própria.
Se ambas as janelas, e * nix forem adequadas às suas necessidades, escolha a mais barata das duas, se ambas custam o mesmo, descubra o que os administradores (incluindo os da empresa anfitriã) conhecem melhor, ou qual departamento (windows ou * nix) tem mais admins.