Instale gnome-control-center
do que abri-lo.
Selecione Devices
na barra de navegação lateral
selecione Mouse & Touchpad
.
Lá você encontrará a opção de alternar Natural Scrolling
Não consigo encontrar nada em Configurações > Mouse e Touchpad para a mudança. As minhas configurações do X11 não funcionam aqui porque estou usando o Wayland.
SO: Linux Debian Stretch 9.1
Gnomo: 3,22
Wayland: 1,12
No meu caso eu tive que:
Settings -> Mouse & Touchpad -> Mouse -> Natural Scrolling -> Off
Settings -> Mouse & Touchpad -> Touchpad -> Natural Scrolling -> Off
Settings -> Mouse & Touchpad -> Tap to Click -> On