A seqüência de escape está sendo interpretada pelo tmux e não está sendo passada para o programa terminal no qual o tmux está rodando. Para que ela passe, você precisa quebrar a seqüência de escape para dizer ao tmux para passar:
printf '\ePtmux;\e%s\e\' "${escape_sequence}"
onde escape_sequence
é a sequência que você deseja que o tmux passe para o terminal.
Não há muita documentação para isso, mas evidências podem ser encontradas no arquivo CHANGES para a versão 1.5: link