Eu percebi isso examinando ps awwwwx|grep gnome
depois de fazer login normalmente. Eu precisava iniciar /usr/lib/gnome-settings-deamon/gnome-settings-daemon
na máquina remota.
Então criei um pequeno script de shell:
#!/bin/bash
/usr/lib/gnome-settings-deamon/gnome-settings-daemon
gnome-terminal&
nautilus --no-desktop&
gnome-panel
Eu configurei isso como o comando para executar na caixa de configurações "custom" do NoMachine, e agora todas as minhas janelas estão com o tema correto!