Meu melhor palpite é que os 40 pacotes foram recomendados por outros pacotes que você já instalou; pipelight-multi junto com a opção --install-recommends fez com que eles fossem instalados, mas eles foram mantidos após a remoção devido a essas recomendações. Como você removeu os pacotes manualmente, é difícil determinar, mas no futuro você pode executar aptitude why ${package} para cada pacote que você acha que deve ser removido automaticamente e aptitude dirá por que ele está sendo mantido.
A mecânica por trás disso não é necessariamente intuitiva. Quando um pacote é marcado como auto-removível, manualmente ou automaticamente (no último caso, porque é instalado automaticamente para satisfazer uma dependência ou recomendação), o sinalizador de remoção automática é a única informação armazenada; o sistema não lembra porque um pacote foi instalado automaticamente. Esses pacotes são mantidos apenas enquanto algum outro pacote depende deles, ou os recomenda (esta é a configuração padrão, pode ser alterada).
Tudo isso explicaria sua situação da seguinte maneira. Você já tem algum outro pacote, A , instalado; este pacote recomenda B , mas o último não está instalado. Você instala pipelight-multi , que também recomenda B ; Como você especificou explicitamente --install-recommends , sabemos que B é instalado junto com pipelight-multi . Quando você remove pipelight-multi e executa apt-get autoremove , B é marcado como removível automaticamente e é verificado, mas como A ainda está instalado, B é mantido, mesmo que o pacote que o tenha instalado em primeiro lugar se foi. Como A recomenda apenas B , você pode remover manualmente B para voltar à situação inicial.