Ok. Resolvi o mistério sozinho. Está relacionado com a suspensão automática do USB. Parece começar muito cedo e as interfaces de usuário não ativam o dispositivo adequadamente, apenas a scanimage faz isso.
Eu uso o TLP para controlar configurações de economia de energia. Por isso, obtive o ID do dispositivo usando lsusb
e adicionei-o à linha USB_BLACKLIST
. Funciona como esperado agora.
Demorei minhas 10 horas para descobrir, porque casos semelhantes sempre tiveram algumas razões diferentes ou ficaram sem resposta.