Este parece ser o processo, gpk-update-icon
que é responsável por esta janela de autenticação ser aberta.
Você pode tentar esta solução:
Sorry for the misunderstanding. The app is for the Gnome Package kit, many people have reported that they fixed it by removing gnome and using another window manager, and other have said that you can go to System->Preferences->Personal->Sessions and Untick "PackageKit Update Applet" to stop the applet.
Fonte: link
Gostaria apenas de tentar desmarcar o "Applet de atualização PackageKit" como solução alternativa.