Venho recuperando meus repositórios locais do Git há dois anos, sem nenhum sinal de problema. Atualmente, o crontab contém algo como
savelog -n -c 400 ~/log/git-fetch.log
find ~/git -type d -execdir [ -d '{}/.git' ] \; -print -prune |
parallel --gnu --keep-order \
"date; echo {}; cd {}; git fetch --all --verbose" \
>> ~/log/git-fetch.log 2>&1
(mas em uma linha).