A correspondência no título da janela não é muito confiável. Por exemplo, se você estiver visualizando essa pergunta no seu navegador, wmctrl -a 'emacs' poderá ativar seu navegador.
Você pode personalizar o formato de título do frame com frame-title-format . Eu uso (multiple-frames "%b" ("" invocation-name "@" system-name)) . Mas eu não recomendo contar com isso em seu script.
Você pode dizer a wmctrl para procurar uma janela por classe com a opção -x . Isso é simples e confiável.
wmctrl -x -a Emacs
Como alternativa, você pode fazer o Emacs fazer o trabalho . Isso dá a você uma chance melhor de escolher o "melhor" quadro quando houver vários quadros ativos.