Uma maneira geral é usar strace :
strace -fe trace=open <command>
Os arquivos de configuração geralmente terminam com .conf . Então você pode filtrar o resultado canalizando para grep '\.conf .
Outra opção, usando strings :
$ strings $(which httpd) | grep '\.conf'
-D SERVER_CONFIG_FILE="conf/httpd.conf"
conf/httpd.conf
Allowed in *.conf
directive in your httpd.conf file to list a non-root
Muitos programas também têm uma opção para você saber que arquivo de configuração ele lê, exemplo com apache :
$ httpd -V | grep '\.conf'
-D SERVER_CONFIG_FILE="conf/httpd.conf"