Se seus timestamps forem formatados de forma consistente, você poderá retirá-los (com sed, por exemplo) antes de processar os arquivos com qualquer método de diferenciação, por exemplo
diff <(sed -E 's|[0-9]{2}:[0-9]{2}:[0-9]{2} [0-9]{2}/[0-9]{2}/[0-9]{2,4} [0-9]{1,} ||' fileA) <(sed -E 's|[0-9]{2}:[0-9]{2}:[0-9]{2} [0-9]{2}/[0-9]{2}/[0-9]{2,4} [0-9]{1,} ||' fileB)
Teste em seus arquivos de entrada fornecidos:
$ diff \
<(sed -E 's|[0-9]{2}:[0-9]{2}:[0-9]{2} [0-9]{2}/[0-9]{2}/[0-9]{2,4} [0-9]{1,} ||' fileA) \
<(sed -E 's|[0-9]{2}:[0-9]{2}:[0-9]{2} [0-9]{2}/[0-9]{2}/[0-9]{2,4} [0-9]{1,} ||' fileB)
2,3c2,3
< abc xxx
< ghi eee ddd
---
> abc def
> ghi fff ddd