Bem, primeiro, gostaria de saber se você poderia simplesmente substituir em um kernel mais novo? Ou se você puder encontrar os patches que consertam o bug, você poderia aplicá-los ao kernel 2.6.5.
Além disso, o APIC é usado para roteamento de interrupção. Se você desativá-lo, o kernel deve retornar ao método PIC mais antigo. O resultado deve ser mais dispositivos compartilhando interrupções (como você terá muito menos) e uma leve lentidão. Provavelmente não é importante.
O que quebraria seria que talvez você perderia interrupções completamente (nesse caso, certamente não inicializará), ou você as perderá de algum dispositivo (provavelmente será muito óbvio, o dispositivo provavelmente nem será inicializado). Você perderá um dos métodos de controle de tempo no sistema, o que provavelmente é a coisa mais sutil - o relógio do sistema pode se mover ou variar de maneira diferente do que era antes.
Se o noapic não funcionar, você também pode tentar o nolapic ou adicionar um controlador PCI USB 2.0, assumindo que o hardware o permita.