De acordo com a documentação do Fedora 16 /etc/rc.serial é responsável por configurar as linhas seriais.
Alguma coisa mudou aqui entre as suas instalações 15 e 16?
Definir "baixa latência" e "rx / tx_trigger" (se possível) pode ajudar.
Lembro que o 16550A tem um buffer de entrada de 15 bytes. De alguma forma, você pode definir em qual nível de preenchimento uma interrupção está sendo gerada - usei 7 bytes para uma troca entre confiabilidade e velocidade (com DOS). Talvez o gatilho rx / tx faça um ajuste comparável.
Atualização 2012-03-12:
Acabei de verificar na minha estação de trabalho (CentOS5 - deve ser comparável ao Fedora):
rpm -qd setserial
mostra a documentação disponível. Há um arquivo README e um arquivo rc.serial - veja o README.
Além disso - eu olhei novamente para a sua saída: spd_normal não parece ok para mim. Você quer 115 kb - então você provavelmente deve definir spd_vhi (veja man setserial). A razão para isto é que você não pode solicitar mais de 38,4 kb, já que o padrão UART não permite mais. Mais tarde veio 57.6kb, em seguida, 115kb - tinha que haver um "truque" para definir essas velocidades também.