Não é a solução mais bonita, mas isso parece funcionar (usando o mutt 1.5.20), com uma ID de mensagem retirada da minha caixa de entrada em $ MSGID:
mutt -e "macro index - 'l~i${MSGID}'; push -\n"
Se você já usa a tecla '-' para algo no índice, escolha uma chave diferente.