Como você mencionou o uso de / para pesquisa, presumo que você esteja usando as chaves do modo vi. A tabela de chaves vi-edit padrão não se liga a C-u (está vinculada a delete-line na tabela de chaves emacs-edit ).
Você pode vinculá-lo manualmente (por exemplo, em .tmux.conf ou depois de < prefix > : ):
bind-key -t vi-edit C-u delete-line