Os pacotes boost estão com slot, então você pode ter mais de uma versão instalada.
Para sair dessa versão, simplesmente edite:
emerge -a =dev-libs/boost-1.39.0
Se você quiser remover a versão mais recente (muito perigosa, pode depender de muita coisa), você pode:
emerge --unmerge =dev-libs/boost-1.46.1-r1
e execute um revdep-rebuild
depois.
Para alternar seu ambiente de uma versão para outra (se você manteve as duas), use eselect boost list/set
.