Se você quiser fazer essa atualização, eu atualizaria para o Slackware-13.37 primeiro, usando as dicas em UPGRADE.txt, e depois atualizando o 13.37 para -current assim que estiver completo. Durante cada ciclo de lançamento, vários pacotes são adicionados e removidos, portanto, para passar de 13.37 para o atual na segunda etapa, você deve ler o Changelog atentamente para ver as etapas que você pode precisar executar para executar a corrente.
Provavelmente haverá Slackbuilds que não funcionam na última versão, especialmente porque houve um upgrade para um novo GCC que quebra determinados scripts de compilação. Além disso, o aviso usual de que o SlackBuilds.org não oferece suporte a -current ainda é aplicado. Dito isto, muitas pessoas correm e usam o SlackBuilds sem muito problema. Para programas que você compilou, as mesmas advertências se aplicam.
Se você seguir as notas UPGRADE.txt e Changelog, você deve ter um sistema -current rodando com bastante facilidade. É difícil dizer se você terá problemas com seus outros aplicativos sem saber o que eles são, mas não acho que isso seja um grande problema.