A maneira mais simples é provavelmente escrever um xorg.conf e configurar o "outro teclado" com a opção GrabDevice as true . Isso garantirá que a camada de entrada do kernel só envie eventos deste dispositivo para o X, o que significa que o console não os verá.
Você pode testar o efeito da captura com evtest --grab /dev/input/... (o que fará evtest agarrá-lo, é claro).
Veja man evdev para detalhes, veja Inputclass e Inputdevice in man xorg.conf sobre como combinar com seu teclado usando ids de hardware (ou google, há muitos tutoriais).