Tanto quanto eu posso ver na imagem, pode ser uma das duas coisas.
Não parece que o espaçamento entre os ícones, conforme definido pelo gnome, esteja desativado, mas apenas para ter certeza, você pode executar:
gconftool-2 --type int --set /apps/panel/toplevels/top_panel/padding 0
gconftool-2 --type int --set /apps/panel/toplevels/bottom_panel/padding 0
gconftool-2 --type int --set /apps/panel/applets/systray/prefs/padding 0
A outra possibilidade é que devido a uma mudança de resolução, seus ícones no painel ficaram fora de posição. Isso é realmente irritante e, se os ícones estiverem bloqueados, eles não serão trocados automaticamente quando você mudar para a resolução anterior. Isso acontece muito com VMs redimensionáveis dinamicamente.
Para lidar com isso, verifique se os ícones estão desbloqueados (clique com o botão direito, desmarque "Bloquear") e, em seguida, mova-os de volta para onde eles pertencem.
Informe-nos se isso resolveu seu problema.
Atenciosamente.