[editado para adicionar o resumo de links conforme sugerido] Tem a ver com o fato de que você está usando o Cygwin com certos softwares que fazem com que ele se comporte estranhamente no Windows. A lista de softwares problemáticos é chamada BLODA. Confira os links abaixo para mais informações:
O primeiro link é a definição oficial do Cygwin de BLODA. Software, geralmente do tipo antivírus, que implementa vários ganchos, como quando um processo executa fork () ou acessa arquivos ou até mesmo áreas de memória. Esse tipo de software impede que o Cygwin e o bash se comportem corretamente e a solução seria desabilitar a varredura, adicionando uma exceção ao diretório de instalação do Cygwin ou desabilitando / desinstalando completamente o software.
O segundo link aponta para um problema na lista de discussão que se manifesta exatamente como o autor desta postagem descreve e alguém responde a essa questão apontando para a seção BLODA da FAQ do Cygwin.