Você pode depurar esse problema executando primeiro o mesmo aplicativo em Xfce4 . O Xfce4 é um ambiente de área de trabalho estável, sólido, leve e bem testado. É útil como primeiro passo para solucionar o problema. O Xfce4 tem suas próprias configurações de fonte.
Como a mudança para o Xfce4 resolveu o problema, você pode corrigir esse problema continuando a usar o Xfce4.