Aparentemente, não consigo nem mesmo passar o dedo no Ubuntu 16.10 com o Unity on Mir, mas tenho um palpite pelo motivo de isso não funcionar para você.
Por padrão, os drivers do touchpad ativam o recurso "Rolagem horizontal" - Borda ou Dois dedos. Como os touchpads do Mac não têm a mesma detecção de borda que alguns touchpads de PC, o Two-Finger provavelmente está ativado por padrão.
Para desativar a rolagem horizontal com dois dedos *, abra o painel Configurações do mouse do GNOME e mude para a guia "Touchpad". Em seguida, desmarque a opção "Ativar rolagem horizontal" ou "Ativar rolagem horizontal com dois dedos" ou algo assim e tente novamente o libinput-gestures
config mencionado na pergunta.
* Isso é, sem dúvida, configurável através de gsettings
/ dconf
, mas não consigo encontrá-lo.