Você pode encontrar os pacotes instalados manualmente no Ubuntu:
#cat /var/log/apt/history.log | grep 'apt-get install '
Somente o root pode instalar o pakages, ou, um usuário que tenha recebido direitos no arquivo sudoers para esse propósito. Para encontrar o usuário que instalou esses pacotes, você precisa analisar o log dos sudoers. Você encontrará todos os comandos executados pelos usuários do sudo e, portanto, os comandos de instalação também.