Se você instalar o Grub em uma partição, nada será modificado fora dessa partição. Em particular, o MBR (se o disco tiver partições DOS clássicas) não é modificado. Se você fizer isso, o Linux só poderá ser inicializado se o bootloader no BIOS ou UEFI souber onde procurá-lo. O motivo para instalar o Grub em uma partição é quando você já tem outro gerenciador de inicialização no MBR que sabe onde carregá-lo, normalmente outro sistema operacional que possui seu próprio menu de inicialização. Muitos gerenciadores de inicialização de outros sistemas operacionais oferecem para inicializar partições primárias que possuem o sinalizador “ativo” definido.