O gerenciador de pacotes não sobrescreve seu kernel. Na verdade, o gerenciador de pacotes nunca sobrescreve qualquer kernel, apenas adiciona uma nova versão paralela a versões existentes no sistema.
Dependendo da distribuição, o gerenciador de pacotes pode iniciar a reconfiguração do gerenciador de inicialização em seu sistema ao instalar novos ou remover o kernel existente, mas isso é realmente específico da distribuição. (O Ubuntu faz exatamente isso) Nesse caso, depois de instalar a nova versão do kernel, ele será o padrão na inicialização, então você terá que alterar manualmente a configuração do carregador de boot para que sua versão personalizada seja a escolha padrão.