Resolvi isso substituindo meu novo diretório .gnupg
pelo antigo, exportando as chaves em um formato importável, restaurando meu novo .gnupg
e importando as chaves:
mv ~/.gnupg ~/.new_gnupg
cp -r old_backup/.gnupg ~
gpg2 --export-secret-keys > sec.gpg
rm -r ~/.gnupg
mv ~/.new_gnupg ~/.gnupg
gpg2 --import sec.gpg