O comando whois não é mais seguro de uma perspectiva de privacidade do que o servidor consultado. Ele ignora o site do front-end, mas você ainda não sabe se o servidor que você está consultando registra sua consulta. Olhando através do código-fonte do comando whois, vejo que, pelo menos para .com e .net, ele usa whois.networksolutions.com.
Se você está preocupado com a privacidade de suas consultas whois, você pode especificar qual serviço o comando whois deve usar. A opção -h de whois permite que você especifique qual serviço usar. Eu apenas tentei isso e parece funcionar como esperado, exemplo: whois -h whois.name.com stackexchange.com . Você também pode adicionar regras para quais servidores usar em /etc/whois.conf para tornar as coisas mais permanentes.
É claro que não há como garantir que suas consultas não sejam registradas de qualquer forma. No final, você só precisará confiar em algum site ou serviço whois.