Eu acredito que você pode seguir as instruções descritas aqui neste post intitulado: Várias Placas de Vídeo Nvidia & Monitores no Linux Mint 15 MATE . Embora os detalhes estejam direcionados ao Linux Mint, eles ainda devem ser aplicáveis, uma vez que a maior parte dos ajustes está sendo feita através dos drivers da NVIDIA.
Eu diria que você pode fazê-lo através dos diálogos da NVIDIA ou através do seu arquivo xorg.conf
.
diálogos
arquivosxorg.conf
Section"Device"
Identifier "Device2"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce GT 610"
BusID "PCI:1:0:0"
Screen 1
EndSection
Section "Device"
Identifier "Device1"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce 6200"
BusID "PCI:5:4:0"
EndSection
Section "Device"
Identifier "Device0"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce GT 610"
BusID "PCI:1:0:0"
Screen 0
EndSection
Depois, basta atribuir os monitores ao "dispositivo" interno:
Section "Screen"
Identifier "Screen1"
Device "Device1"
Monitor "Monitor1"
DefaultDepth 24
Option "Stereo" "0"
Option "nvidiaXineramaInfoOrder" "CRT-0"
Option "metamodes" "nvidia-auto-select +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Isto é apenas para lhe dar uma abordagem geral, consulte o artigo para mais detalhes.